Komisijas darbu vada labklājības ministra iecelts Komisijas vadītājs, kurš ir valsts civildienesta ierēdnis. Vadītājam ir divi vietnieki – (1) administratīvajos un klientu apkalpošanas jautājumos un (2) invaliditātes ekspertīzes jautājumos. Komisijas vadītāja vietnieki, Juridiskās nodaļas vadītājs un Struktūrfondu projektu nodaļas projektu vadītāji ir Komisijas vadītāja tiešā pakļautībā.
Vadītāja vietnieka administratīvajos un klientu apkalpošanas jautājumos tiešā pakļautībā ir:
- Administratīvā nodaļa ,
- Dokumentu un arhīva pārvaldības nodaļa,
- Klientu apkalpošanas nodaļa.
Vadītāja vietnieka invaliditātes ekspertīzes jautājumos tiešā pakļautībā ir:
- Metodiskās vadības un kontroles nodaļa ,
- Reģionālās nodaļas un centri - Jelgavas, Liepājas, Rēzeknes, Rīgas, Valmieras nodaļa, Daugavpils, Jēkabpils, Gulbenes un Kuldīgas centrs,
- Starptautisko pakalpojumu nodaļa .